O tratamento das micoses é feito com uma série de medicamentos antifúngicos, e a escolha terapêutica dependerá da etiologia e da forma clínica e gravidade do caso. Geralmente, o tratamento é prolongado e requer estratégias de adesão.

O antifúngico ideal deve ter um amplo espectro de atividade, possuir ação fungicida ao invés de fungistática, estar disponível nas formulações oral e parenteral, causar poucas interações medicamentosas, ser seguro em doses eficazes, ser custo-efetivo e estável à resistência microbiana. As principais limitações das opções terapêuticas atuais incluem: espectro inadequado de atividade, falta de eficácia devido à resistência crescente, pequeno índice de tolerância, interações com outras drogas, perfil farmacocinético inadequado e custo elevado.

Alguns medicamentos antifúngicos para o tratamento das micoses endêmicas estão disponíveis no Sistema Único de Saúde (SUS) e são oferecidos gratuitamente. Todo o tratamento e suporte necessários para cuidar do enfermo também são oferecidos de forma integral e gratuita pela rede pública de saúde.

O Ministério da Saúde, por meio do Grupo Técnico de Vigilância e Controle das Micoses Sistêmicas, adquiriu alguns medicamentos antifúngicos para atender pacientes portadores de micoses endêmicas de implantação, sistêmicas e oportunistas, NÃO portadores de HIV/aids. Isso porque, em reunião da Comissão Intergestora Tripartite (CIT), em julho de 1998, foi definida a descentralização do processo de aquisição dos medicamentos para IST (infecções sexualmente transmissíveis) e IO (infecções oportunistas) associadas à aids. De acordo com essa pactuação, os níveis de gestão estaduais e municipais ficaram responsáveis pela aquisição e disponibilização de medicamentos para IST e IO, e o Ministério da Saúde, pela aquisição e disponibilização dos medicamentos antirretrovirais (ARV) e talidomida.