No Brasil, as micoses sistêmicas não são doenças de notificação, portanto não se dispõe de dados precisos sobre sua incidência. O conhecimento de áreas endêmicas, dados de prevalência, incidência e morbidade dessas micoses baseia-se em análises retrospectivas de séries de casos, ou estudo de isolados/linhagens de coleções de apoio à pesquisa, sem registro regular de dados clínicos e epidemiológicos, e em dados do Sistema de Internações Hospitalares do Sistema Único de Saúde (SIH-SUS).

O Ministério da Saúde, por meio da SVS, coordena o processo de estruturação da Vigilância e Controle das Micoses Endêmicas Sistêmicas (paracoccidioidomicose, histoplasmose, criptococose e coccidioidomicose), de Implantação (cromoblastomicose, esporotricose, lobomicose e micetomas) e Oportunistas (candidíase sistêmica, aspergilose, mucormicose e fusariose). Estas são consideradas as principais micoses de ocorrência no país e representam importante problema de saúde pública, pelo seu alto potencial incapacitante e número elevado de mortes prematuras, quando não diagnosticadas e tratadas.