O vírus da hepatite B (VHB) é um Orthohepadnavirus, cujo genoma se replica através de um RNA intermediário, tornando-o suscetível a elevada taxa de mutações (104 a 105 substituições de bases/sítio/ano). No presente, são reconhecidos 10 genótipos (A-J), e diversos estudos têm indicado padrões característicos quanto à distribuição geográfica desses genótipos. Nas Américas, verifica-se uma associação forte entre os genótipos e populações nativas das Américas Central e do Sul. O genótipo F apresenta a mais elevada divergência entre todos. No Brasil, são encontrados os genótipos A, B, C, D e F. Na Amazônia, o genótipo F predomina entre os indígenas, e o A, entre a população em geral, seguido do D. Em relação ao tratamento, os análogos nucleot(s)ídeos apresentam grandes vantagens sobre a terapia com interferon, pois podem ser administrados oralmente e são relativamente livres de efeitos adversos. Além disso, são potentes inibidores da replicação viral. Contudo, o tratamento com esses medicamentos deve ser mantido por longos períodos, levando à seleção de vírus com mutações de resistência, o que constitui uma das principais limitações ao tratamento, pois quando transmitidos a novos hospedeiros, constituem importante barreira para o eventual controle dessa infecção. A detecção dessas mutações de resistência é importante para o monitoramento da dinâmica viral associada ao tratamento.