Não foi observada resistência primária aos ARV no gene pol, entretanto códons com polimorfismos foram freqüentes, sobretudo associados a variantes nãoB do HIV-1. As análises preliminares da região gag para epítopos caracterizados (LANL) demonstraram polimorfismos que podem ter repercussões no reconhecimento antigênico. Na região p24 do gag, os epitopos ATLEEMMTA e VKNWMTETLL apresentaram maior conservação tanto em amostras B como nãoB, diferindo o primeiro em 1 aa em 3/26 seqüências do HIV-1 B e 2/8 HIV-1 nãoB analisadas; e o segundo em 3/26 e 5/8, porém na sua maioria a mesma variação E>D (acido glutâmico para aspártico). Outro epítopo, RMYSPTSI, embora com 5/26 e 6/8 com modificações, estas são quase exclusivamente na mesma posição Treonina>Valina, resultando na modificação de um aa polar neutro para um apolar, hidrofóbico, com potencial repercussão na ligação do epitopo. Tais análises podem subsidiar a seleção, para testes físicoquímicos e imunológicos, com peptídeos selecionados a partir da realidade epidemiológica nacional, com eventual inclusão em produtos vacinais para uso em nosso meio. Informações sobre a prevalência de HLA em isolados brasileiros são importantes para contextualizar as observações destas análises.