Pesquisador(es)
Pesquisador(es) Responsável(eis):
Cláudia Renata Fernandes Martins
Instituição
Instituição:
Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular.
Homepage:
Parcerias institucionais:
.
Período de Vigência:
2004 – 2005
Situação:
Concluída
Introdução e Justificativa
O trabalho apresentado teve como objetivos conhecer o perfil de subtipos e a diversidade antigênica do HIV-1 no Distrito Federal, buscando minorar as disparidades regionais sobre o conhecimento da variabilidade genética do HIV-1 e gerar dados que nos permitam conhecer melhor o perfil da epidemia no Brasil. Pretendeu-se explorar o seqüenciamento de regiões do genoma viral, incluindo os genes gag, env, nef, protease e transcriptase reversa. Para estudo da diversidade antigênica, foram caracterizados o segmento V3 do gene env e o peptídeo G1 de Gag, (aminoácidos 181 a 214 em HXB2).
Objetivos
Iniciar um estudo de caracterização dos subtipos e da variabilidade antigênica do HIV-1 no Distrito Federal, por meio de seqüenciamento automático de regiões do genoma viral consideradas importantes na definição de subtipos e como alvos de vacinas, por induzirem imunidade humoral e celular.
Materiais e Método
A população-alvo do estudo foi de indivíduos de ambos os sexos, residentes no Distrito Federal e entorno, com sorologia positiva para anti-HIV-1, encaminhados dos Centros de Referência para DST/Aids ao Lacen-DF para avaliação da carga viral. As amostras foram analisadas quanto ao subtipo, por meio do seqüenciamento automático. O RNA total das amostras foi extraído a partir de amostras de plasma, seguindo-se a amplificação por PCR para os genes da protease (primers externos DP10/DP11; primers internos DP16/DP17), transcriptase reversa (primers externos RT9/RT12; primers internos RT1/RT4), nef (Outer 5-1E/ outer 3-3E; Inner 5-1E/Inner 3-7E) e gag (primers externos Gag1/MZ14; primers internos Gag2/MZ14). Para a amplificação do fragmento C2V3, foram utilizados os primers externos ED5/ED12 e os primers internos ES7/ES8. A análise dos produtos de PCR foi feita por eletroforese de agarose. Os produtos de PCR foram purificados e seqüenciados automaticamente. As seqüências foram analisadas por meio do programa BLAST, realizando-se alinhamentos com seqüências de HIV-1 disponíveis em bancos genômicos. Os alinhamentos das seqüências foram feitos pelo programa CLUSTAL W e otimizados por inspeção visual.
Resultados - Parciais ou Finais
Foi possível determinar o subtipo de HIV-1 presente em 94 amostras, que foram seqüenciadas para, pelo menos, duas regiões genômicas. Oitenta e sete por cento das amostras foram do subtipo B, 11,83 % foram consideradas formas recom-binantes B/F e 1,07% (1 amostra) mostrou ser um recombinante PRD/RTB/ENVBF. A análise do loop V3, realizada para 39 amostras, mostrou variabilidade considerável nessa região. O motivo reconhecido pelo anticorpo monoclonal 447 52D (GPGR nas posições 312-315) foi encontrado em 18 amostras (50%). Quatro amostras (10,2%) apresentaram o motivo GWGR, típico do variante brasileiro denominado B”. Outras três amostras (7,6%) apresentaram o epitopo GFGR, também encontrado em isolados brasileiros. Além dessas, foram encontradas as variações GPGK, GLGR, GPGS, GQGR, GPGS. Esses isolados já estão descritos na literatura, mas ainda não há relatos de sua ocorrência no Brasil. Detectamos ainda cinco amostras com os epitopos GPGN, GPGY, ALGR, APGG e GPGH, não relatados em bancos genômicos. O peptídeo G1 de Gag, descrito por Lévy e Colaboradores, foi analisado em 20 amostras e se mostrou conservado em todas elas.
Palavras-Chave:
HIV-1. Subtipos. Diversidade antigênica. Env. Gag.
Divulgação e/ou Publicações
MARTINS, C.R.F. HIV-1 subtypes and recombinant forms in the Federal District. In: ENCONTRO NACIONAL DE VIROLOGIA, 16., 2005, Salvador.