O diagnóstico das micoses consiste, além da verificação das características clínicas e epidemiológicas, em exames laboratoriais, tais como o exame micológico, que inclui a visualização direta e a cultura, o exame histopatológico e os exames sorológicos e moleculares. Os fungos podem ser isolados de escarro, sangue, medula óssea, lavado brônquio-alveolar, líquor, tecido (pele, parênquima cerebral, osso, fígado, linfonodos, etc) e urina.